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InnoDB funciona mais rápido que MyISAM quando há modificações constantes nos dados, uma vez que este tipo de armazenagem usa a proteção por registros (row locking) e não a proteção por tabelas (table locking) como o faz o MyISAM. Contudo, em várias situações, innoDB é mais lento que MyISAM, devido ao fato de que innoDB funciona com transações. A armazenagem padrão do mysql é MyISAM

MyISAM

- Foi implementado a partir do código da tabela ISAM., introduzindo diversas melhorias como:
- Os arquivos de tabela são transportáveis entre diferentes sistemas operacionais;
- Campos BLOB e TEXT podem ser indexados;
- Os Arquivos índices e de dados podem ser armazenados em dispositivos diferentes (aumento de performance);
- Algoritmos de distribuição de dados e gerenciamento de índices melhorados;

InnoDB
- Rodam sob um engine, desenvolvido pelo Innobase( www.innodb.com), que acrescenta ao mysql o suporte a TRANSAÇÕES e a CONSTRAINTS de chave estrangeira.
- Para obter o máximo de performance com tabelas innoDB é necessário configurar o arquivo my.conf(ou my.ini no Windows) de acordo com as características de hardware do servidor onde o mysql está rodando. Os Detalhes dessa configuração podem ser obtidos no manual do InnoDB.

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